10x FFPE 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組
服務(wù)簡介
單細(xì)胞技術(shù)依然面臨諸多挑戰(zhàn)，其中最大的困境是，目前絕大部分高通量單細(xì)胞測序平臺對待測樣本的細(xì)胞活性要求較高，但臨床的大部分樣本為凍存或福爾馬林固定、石蠟包埋（FFPE）處理的組織，細(xì)胞活性極低，很難利用現(xiàn)有的單細(xì)胞技術(shù)進(jìn)行有效檢測。廣科安德10x Genomics平臺的FFPE樣本的單細(xì)胞核測序方法--snPATHO-seq，該方法能夠?qū)?~2張大于25μm的FFPE切片高通量檢測細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組，并實現(xiàn)細(xì)胞分群。解決了以往polyA方式無法捕獲片段化轉(zhuǎn)錄本的問題。
技術(shù)路線
有別于新鮮解離單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序基于polyA捕獲的方法，RNA固定處理的樣本或FFPE樣本采用的是利用探針雜交捕獲基因的方法，探針組作用包括檢測基因表達(dá)與提供分組信息。
FLEX配套的雜交探針包括LHS和RHS類似左右2個抓手，可增強(qiáng)雜交的特異性，RHS上包含區(qū)分樣本來源的ProbeBarcode，每個樣本與不同的探針進(jìn)行雜交，數(shù)據(jù)分析時可通過識別不同的Barcode將不同樣本來源的Read區(qū)分開。FLEX配套芯片有8個通道，單個通道可以混合4個樣本。由于探針具有物種特異性，目前FLEX方案僅可應(yīng)用于人和小鼠樣本。
應(yīng)用領(lǐng)域
腫瘤微環(huán)境
細(xì)胞特異性
生物發(fā)育等領(lǐng)域
廣科安德可提供單細(xì)胞/空間組、基因組、表觀組、微生物組、蛋白質(zhì)組、代謝組等多組學(xué)測序和生物信息學(xué)分析服務(wù)，從基礎(chǔ)研究、轉(zhuǎn)化研究到臨床應(yīng)用提供全方位科研技術(shù)服務(wù)及解決方案歡迎免費咨詢，了解更多詳細(xì)信息!我們的技術(shù)專員可免費為您提供業(yè)務(wù)評估。
0571-83693553
浙江省 杭州市 蕭山區(qū) 金二路617號 信息港六期10幢